Seit 2004 gibt es eine einheitliche Regelung für die Kennzeichnung von Eiern in Europa. Die Art der Haltung muss mit einer 3 für Käfighaltung, einer 2 für Bodenhaltung, einer 1 für Freilandhaltung und einer 0 für ökologische Erzeugung und Freilandhaltung auf dem Ei vermerkt werden. Um eine 0 auf ein Ei drucken zu können, muss ein Landwirt allerdings besondere Anforderungen erfüllen. Das Futter der Hühner muss aus ökologischem Anbau kommen und die Lebensbedingungen auf einem sehr hohen Standard sein.
Sehr beliebt sind BIO-Eier besonders bei Menschen mit Allergien, denn es wird vermutet, dass chemisch behandelte Lebensmittel das Allergierisiko steigern. Die Chemikalien sind eine Art Gift für den Körper und so bilden sich sehr viel häufiger Allergien aus. Da Hühnern in ökologischer Haltung nur gesundes und natürliches Futter gegeben wird, wird vermutet, dass auch die Eier dieser Hühner gesünder sind als herkömmliche. Es gibt zwar keine Studien zu dieser Annahme, doch gemeinhin sollte man als Allergiker auf eine gute Ernährung achten und daher auch bei der Wahl der Eier genau hinsehen.
Neben der möglichen heilenden Wirkung für Allergien sind BIO-Eier oft auch frischer als gewöhnliche, denn sie stammen meist von Bauernhöfen aus der Region und somit fällt zum Beispiel das Parken Flughafen zum Transport oder das Deponieren in Lagerhallen weg. Außerdem sollte man stets auch den Aspekt der artgerechten Tierhaltung beachten. Käfighaltung ist seit 2010 verboten, denn die Tiere haben hier nur etwa eine Din-A4-Seite Platz und ihnen steht kein Nest zur Verfügung, sondern nur die nackten Eisenstangen des Käfigs. Man sollte deshalb ein Zeichen setzen und öfter BIO-Eier kaufen, um diese Form der Hühnerhaltung zu unterstützen.